Предсказание вторичной структуры белков модифицированным GUHA- методом

Abstract

В работе предложен новый метод предсказания вторичной структуры белка, основанный на известном в области экспертных систем GUHA-методе. Облучение и предсказание базируются на информации о вторичной структуре 108 белков (около 20 000 аминокислотных остатков) с рентгеноструктурным разрешением менее 0,2 нм. Средняя точность предсказания по использованному в работе банку данных составила для α-спирали – 74 %, β-складки – 67 %, нерегулярной структуры — 71 % и общая – 68 %У роботі запропоновано новий метод передбачення вторинної структури білка, що базується на відомому в галузі експертних систем GUHA-методі. Навчання та передбачення грунтуються на інформації про вторинну структуру 108 білків (біля 20000 амінокислотних залишків) з рентгенострухтурним розділенням менше 0,2 нм. Середня точність передбачення з використаного в роботі банку даних складає для α-спіралі - 74 %, β-складки – 67 %, нерегулярної структури – 71 %; загальна – 68%A new method for protein secondary structure prediction is described in the present article. This method based on GUHA-method has been known in the field X-ray resolution less than 0,2 nm was used for learning and prediction of protein secondary structure. Average accuracy of prediction for α-helix is 74 %, β- strand is 67 %, coil is 71 % and for three states simultaneously is 68 % of successful prediction.