Квантово-механічний конформаційний аналіз молекули 2'-дезоксицитидилової кислоти — структурної ланки ДНК

Abstract

На рівні теорії MP2/6-311G++(d,p)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) вперше отримано повне сімейство конформерів молекули 2'-дезоксицитидилової кислоти. Проаналізовано розподіли значень її торсійних кутів і порівняно з такими в молекулі 2'-дезоксицитидину. Виявлено кореляцію між амплітудою псевдообертання фуранозного кільця і syn-орієнтацією нуклеотидної основи. Охарактеризовано ''тонкі'' конформаційні параметри, що описують непланарність кільця нуклеотидної основи і деяких його бічних груп.The full set of 2'-deoxycytidilic acid molecule conformers has been obtained by ab initio quantum mechanical calculations at the MP2/6-311G++(d,p)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) theory level. The distributions of torsion angles are analyzed and compared with those of a 2'-deoxycytidine molecule. The strong correlation between the sugar puckering amplitude and the syn-orientation of the nucleotide base unit is revealed. 'Fine' conformational parameters defining a nonplanarity of the base ring and its side groups are characterized.