Реконструкция пространственной структуры комплексов растительных протеинфосфатаз типа 1 и 2А с окадаиновой кислотой

Abstract

На основании известных пространственных структур протеинфосфатаз 1 и 2А из Homo sapiens выполнено профильное моделирование их растительных гомологов из Arabidopsis thaliana. Качество построенных моделей подтверждено значениями среднеквадратических отклонений между атомами и результатами конфирмационного анализа. По результатам сравнительного анализа и молекулярной динамики идентифицированы и подтверждены сайты связывания окадаиновой кислоты молекулами протеинфосфатаз типов 1 и 2А из A. thaliana.На підставі відомих просторових структур протеїнфосфатаз 1 та 2А з Homo sapiens виконано профільне моделювання їхніх рослинних гомологів з Arabidopsis thaliana. Якість побудованих моделей підтверджена значеннями середньоквадратичних відхилень між атомами, а також даними конформаційного аналізу. За результатами порівняльного аналізу і молекулярної динаміки ідентифіковано і підтверджено сайти зв’язування окадаїнової кислоти молекулами протеїнфосфатаз типів 1 і 2А з A. thaliana.The homology modeling, based on known temple structures of Homo sapiens protein phosphatase type-1 and -2А was implemented. The spatial structures of the human protein phosphatases and their plant homologs from Arabidopsis thaliana was predicted. The quality of models was confirmed by conformational analysis and root mean square deviations. The sites of okadaic acid binding in molecules of plant protein phosphatases (type-1 and -2А) were proved by the data of comparative analysis and molecular dynamics.