Структура і динаміка тирозил-тРНК синтетази Mycobacterium tuberculosis у комплексі з інгібітором SB-219383

Abstract

Iнгiбiтор SB-219383 та його аналоги є класом потенцiйних iнгiбiторiв бактерiальних тирозил-тРНК синтетаз. Для дослiдження динамiчних фармакофорних ознак проведено моделювання молекулярної динамiки тирозил-тРНК синтетази еубактерiї Mycobacterium tuberculosis у комплексi з iнгiбiтором SB-219383. Показано, що iнгiбiтор зв’язується в активному центрi ферменту, взаємодiючи з дiлянкою зв’язування тирозину та фосфатної групи. SB-219383 не взаємодiє з каталiтичною петлею KMSKS.Ингибитор SB-219383 и его аналоги являются классом потенциальных ингибиторов бактериальных тирозил-тРНК синтетаз. Для исследования динамических фармакофорных признаков проведено моделирование молекулярной динамики тирозил-тРНК синтетазы эубактерии Mycobacterium tuberculosis в комплексе с ингибитором SB-219383. Показано, что ингибитор связывается в активном центре фермента, взаимодействуя с участком связывания тирозина и фосфатной группы. SB-219383 не взаимодействует с каталитической петлей KMSKS.Inhibitor SB-219383 and its analogues are a class of potential inhibitors of bacterial tyrosyl-tRNA synthetases. To study the dynamic pharmacophore features, we have performed molecular dynamics simulations of M. tuberculosis tyrosyl-tRNA synthetase in complex with SB-219383 inhibitor. The inhibitor binds to the active center of the enzyme interacting with the region of binding of tyrosine and a phosphate group. SB-219383 does not interact with the catalytic KMSKS loop.