Роль локальной плотной упаковки гидрофобных групп в β-структурных белках

Abstract

В работе показано, что стремление гидрофобных групп к локальной плотной упаковке на поверхности β-структурного листа является, по-видимому, основной причиной твиста β-структурных листов. Этот факт позволяет, по мнению автора, по-новому посмотреть на архитектуру почти всех доменов, содержащих β-структуру. Показано, что большинство доменов, содержащих β-структуру, подразделяется ни несколько четко очерченных групп, особенности архитектуры которых зависят от числа и взаимного расположения вдоль цепи элементов вторичной структуры (β-стрендов и α-спиралей), образующих домен.Показано, що прагнення гідрофобних груп до локальної щільної упаковки на поверхні β-структурного листа є, очевидно, основною причиною твісту β-структурних листів. Цей факт дозволяє, на думку автора, по-новому подивитися на архітектуру майже всіх доменів, що містять β-структуру. Показано, що більшість доменів, які містять β-структуру, підрозділяються на декілька чітко окреслених груп, особливості архітектури яких залежать від числа і взаємного розташування вздовж ланцюга елементів вторинної структури (β-стрендів і α-спіралей), що утворюють домен.The study demonstrates that the tendency of hydrophobic groups to the dense local packing on the surface of β-structural sheets is probably the main reason for the twist of β-structural sheets. To the author's opinion, this fact makes it possible to interpret in a new fashion the architecture of almost all β-structure-containing domains. The majority of β-structure-containing domains are shown to fall into several clearly-outlined groups with the architectural properties depending on the number and mutual disposition along the chain of the elements of secondary structure (β-strands and α-helixes) forming the domain.