Механізм взаємодії N1-глікозидів 6-азацитозину з каталітичним сайтом ДНК-залежної РНК-полімерази фага Т7: модельне квантово-хімічне дослідження

Abstract

Неемпіричним методом квантової хімії на рівні теорії HFl6-31G(d, р) вперше зафіксовано знание збільшення величини заряду атома N6 азануклеозидів у моделі каталітичного сайта ДНК-залежної РНК-полімерази фага 77. Блокування іона Mg²⁺ додатковою взаємодією з атомом азоту N6 в комплексі азануклеозид–метал–Туг639 знижує швидкість елонгації, що експериментально під­тверджено істотним зменшенням кількості синтезованої РНК за одиницю часу.Неэмпирическим методом квантовой химии на уровне теории HF/ 6-31G(d, р) впервые зафиксировано значительное увеличе­ние величины заряда атома N6 азануклеозидов в модели каталитического сайта ДНК-зависимой РНК-полимеразы фа­га 77. Блокирование иона Mg дополнительным взаимодейст­вием с атомом азота N6 в комплексе азану клеозид–металл–Туг639 снижает скорость элонгации, что экспериментально подтверждено значительным снижением количества синтези­рованной РНК в единицу времени.By the quantum-chemistry approach at the HF/6-31G (d, p) theory level for the first time considerable increase in the charge value of the atom N6 of azanucleosides in the model of catalytic site of phage T7 DNA-dependent RNA-polymerase was recorded. The blocking of Mg²⁺ ion by the additional interaction with N6 atom in the azanucleoside–metal–Tyr639 complex seems to reduce the rate of elongation, that was confirmed experimentally by the significant decrease in the amount of synthesized RNA in a unit of time.