Конформаційний аналіз низькомолекулярної моделі аніонного цукрово-фосфатного ланцюга ДНК

Abstract

Вперше квантово-механічним методом на рівні теорії MP2/6-311++G(2df,pd)//DFT B3LYP/6-31++G(d,p) проведено вичерпний конформаційний аналіз низькомолекулярної сполуки, що моделює аніонний цукрово-фосфатний кістяк ДНК. Встановлено, що з усіх можливих конформерів лише 12 є твірними цукрово-фосфатного кістяка A-подібних форм ДНК. Не зафіксовано твірних конформерів цукрово-фосфатного кістяка B-подібних форм ДНК. Виявлено 231 твірний конформер цукрово-фосфатного кістяка P-подібних форм ДНК, що мають широкий спектр конформацій цукрів, найчисленнішими серед яких є C1'-exo та C3'-endo.The complete conformation analysis of a low-molecular compound which models the anionic sugar-phosphate frame of DNA is first considered by the quantum-mechanical method at the level of MP2/6-311++g(2df,pd)//DFT B3LYP/6-31++g(d,p) theory. It is found that only 12 from all possible conformers can be formative for the sugar-phosphate frame of A-like DNA forms. Prototype conformers of the sugar-phosphate frame of DNA B-forms are not registered. It is found that 231 conformers are sugar-phosphate frame prototypes of P-like DNA form. The found conformers are within a wide range of sugar conformations, among which the most numerous are C1'-exo and C3'-endo.