The Shine-Dalgarno hybrid during initiation of translation and elongation

Abstract

It was unknown whether a synthetic Shine-Dalgarno (SD) oligonucleotide labelled with ³²P at its 5'-end ([³²P]oct) would be able to reach the anti-SD sequence of 16S rRNA at the early stages of translation only or during elongation. To verify this, [³²P]oct was incubated with 30S ribosomal subunits (RSUs), 70S ribosomes and polysomes, separately, while the SD/anti-SD binding was checked in them through sucrose gradients. The anti-SD sequence resulted highly available in 30S RSUs and sufficiently available in ribosomes. In both 30S RSUs and ribosomes, the addition of a model 002 mRNA in equimolar proportions displaced [³²P]oct for about 50 %. However, in ribosomes the presence of initiation factors (IFs) and fMet-tRNA influence neither the binding of [³²P]oct nor the competition coming from mRNA. In polysomes, [³²P]oct was unable to hybridize the anti-SD sequence, in agreement with the hypothesis that mRNA and 16S rRNA are involved in the SD/anti-SD interaction also during elongation.

Невідомо, чи будуть синтетичні олігонуклеотиди Шайна-Дальгарно (SD) мічені ³² P по 5'-кінця ([ ³² P]-окт) досягати анти-SD послідовності 16S рРНК на ранній стадії трансляції або тільки під час елонгації. Дла перевірки даної гіпотези, [ ³² P] окт інкубували з 30S субодиницями рибосом (RSUs) і 70S рибосом і полісом, окремо, SD / анти-SD зв'язування детектувати в градієнти сахарози. Анти-SD послідовності призвело високої доступності в 30-і RSUs і досить доступні в рибосоми. В обох 30S RSUs і рибосом, додавання модель 002 мРНК в еквімолярних кількостей зміщені [ ³² P] окт близько 50%. Тим не менш, в рибосомах присутність факторів ініціації (МФ) і fMet-тРНК не впливають на зв'язування [ ³² P] окт і не конкурують з мРНК. У полісоми, [ ³² P] окт не зміг провести гібридизацію анти-SD послідовності, відповідно до гіпотезою, що мРНК і 16S рРНК беруть участь в SD / анти-SD взаємодія також під час елонгації.

Неизвестно, будут ли синтетические олигонуклеотиды Шайна-Дальгарно (SD) меченные ³²P по 5'-концу ([³²P]-окт) достигать анти-SD последовательности 16S рРНК на ранней стадии трансляции или только во время элонгации. Дла проверки данной гипотезы, [³²P] окт инкубировали с 30S субъединицами рибосом (RSUs) и 70S рибосом и полисом, по отдельности, SD / анти-SD связывание детектировали в градиенты сахарозы. Анти-SD последовательности привело высокой доступности в 30-е RSUs и достаточно доступны в рибосомы. В обоих 30S RSUs и рибосом, добавление модель 002 мРНК в эквимолярных количеств смещены [³²P] окт около 50%. Тем не менее, в рибосомах присутствие факторов инициации (МФ) и fMet-тРНК не влияют на связывание [³²P] окт и не конкурируют с мРНК. В полисоме, [³²P] окт не смог провести гибридизацию анти-SD последовательности, в соответствии с гипотезой, что мРНК и 16S рРНК участвуют в SD / анти-SD взаимодействие также во время элонгации.