Phage detection in the rhizosphere of higher antarctic plants using transmission electron microscopy

Abstract

This work is focused on electron microscopy of soil samples from root zone of higher Antarctica plants Deschampsia antarctica and Colobanthus quitensis for detection of bacteriophages. Here we compared several techniques and proposed optimal method for isolation of phage suspensions from the substrate. For the first time, the biodiversity of bacteriophages and virus-like particles (VLPs) in the root zone of Antarctic plants has been evaluated. According to morphological description, the dimensions and taxonomic position of several bacteriophages were elucidated. Possible reasons for degradation of virus particles observed during the microscopy studies have been suggested.

Дана робота присвячена електронномікроскопічному аналізові зразків ґрунту прикореневої зони вищих антарктичних рослин Deschampsia antarctica та Colobanthus quitensis з метою виявлення бактеріофагів. Порівняно та підібрано оптимальний метод виділення вірусних суспензій з субстрату. Вперше проаналізовано різноманіття вірусів бактерій та вірусоподібних часток у прикореневому ґрунті антарктичних рослин. За результатами електронної мікроскопії виявлено велику кількість фагових та вірусоподібних часток. За морфологічним описом визначено таксономічну приналежність окремих виявлених бактеріофагів та їхні розміри. Розглянуто можливі причини деградації вірусних часток, виявлених при ЕМ дослідженні.

Данная работа посвящена электронномикроскопическому анализу образцов почвы прикорневой зоны высших антарктических растений Deschampsia antarctica и Colobanthus quitensis с целью обнаружения бактериофагов. Проведено сравнение и подобран оптимальный метод выделения вирусных суспензий из субстрата. Впервые проанализировано разнообразие вирусов бактерий и вирусоподобных частиц в прикорневой почве антарктических растений. Согласно морфологическому описанию, определены таксономическая принадлежность отдельных обнаруженных бактериофагов и их размеры. Рассмотрены возможные причины деградации вирусных частиц, обнаруженных при микроскопических исследованиях.