Картирование мест прикрепления ДНК к ядерному скелету методом графического представления протяженных нуклеотидных последовательностей

Abstract

Методом графического представления нуклеотидных последовательностей в виде кривых линий, отражающих распределение AT- и GC-оснований по длине последовательности, выявлены характерные (S-образные) профили кривых, соответствующие местам крепления ДНК к ядерному скелету эукариот. Впервые показана применимость использованного метода для картирования участков связывания ДНК со скелетными структурами ядра. Тем самым продемонстрирована возможность обнаружения функционально однотипных негомологичных участков ДНК, что не представляется возможным с помощью других известных компьютерных методов анализа протяженных нуклеотидных последовательностей.

Методом графічного представлення нуклеотидних послідовностей у вигляді кривих ліній, що відображають розподіл AT- і GC-основ по довжині послідовності, виявлено характерні (S-подібні) профілі кривих, відповідні місцям кріплення ДНК до ядерного скелету еукаріотів. Вперше показано застосовність даного методу для картування ділянок зв’язування ДНК зі скелетними структурами ядра. Тим самим продемонстровано можливість виявлення функціонально однотипових негомологічних ділянок ДНК, що не є можливим за використання інших відомих комп’ютерних методів аналізу протяжних нуклеотидних послідовностей.

Characteristic (S-form) curves corresponding to nuclear matrix association regions have been revealed by graphically represented DNA sequences. The curves reflect AT and GC distribution along the sequence length. The method is applicable for mapping DNA attachment sites on nuclear frame. Functionally identical nonhomologous DNA regions in long sequences can be detected which is impossible using other computer-assisted methods of nucleotide sequence analysis.