Теория перехода спираль-клубок комплексов гетерогенной ДНК с гетерогенными лигандами

Abstract

Разработана теория для описания перехода спираль – клубок гетерогенной ДНК с заданной первичной структурой в присутствии лигандов, характеризующихся контактным взаимодействием друг с другом при адсорбции на ДНК, протяженностью и избирательностью связывания с определенными последовательностями пар оснований. В теории учитывается гетерогенность лигандов и влияние границ между спиральными и расплавленными участками на процесс плавления комплекса. Разработан алгоритм для расчета кривой плавления, дифференциальной кривой плавления, относительной концентрации лигандов на спиральных и расплавленных участках ДНК и других характеристик комплекса ДНК – лиганд.

Розроблено теорію для опису переходу спіраль–клубок гетерогенної ДНК із заданою первинною структурою за присутності лігандів, що характеризуються контактною взаємодією один з одним при адсорбції на ДНК, протяжністю і вибірковістю зв’язування з певними послідовностями пар основ. У теорії враховується гетерогенність лігандів і вплив кордонів між спіральними і розплавленими ділянками на процес плавлення комплексу. Розроблено алгоритм для розрахунку кривої плавлення, диференційної кривої плавлення, відносної концентрації лігандів на спіральних і розплавлених ділянках ДНК та інших характеристик комплексу ДНК?ліганд.

A theory is suggested for describing the helix-coil transition of heterogeneous DNA with a given primary structure in the presence of heterogeneous ligands which are characterized by the contact interaction with each other under adsorption on DNA, by extension and selective binding with definite sequences of base pairs. The ligand heterogeneity and the influence of boundaries between coil and helix regions on the complex melting are taken into account in the theory. An algorithm is developed for calculating the melting curve, the melting and relative concentration of ligands bound to coil and helix DNA regions as well as for other characteristics of the DNA-ligand complex.