Конформационная подвижность фактора элонгации трансляции eEF1A1 человека

Abstract

Методом моделирования по гомологии построена модель изоформы eEF1A1 фактора элонгации трансляции человека. Конформационная подвижность eEF1A1 изучена методом многократного моделирования молекулярной динамики. С использованием ковариационного анализа выделены наиболее существенные согласованные движения атомов. Определено, что взаимные движения первого и второго доменов могут приводить к закрытию щели между доменами и образованию новой «закрытой» конформации. Описаны аминокислотные остатки, обладающие наибольшей подвижностью Ca-атомов.

Методом моделювання за гомологією побудовано модель ізоформи eEF1A1 фактора елонгації трансляції людини. Конформаційну рухливість eEF1A1 вивчено методом багаторазового моделювання молекулярної динаміки. З використанням коваріаційного аналізу виділено найістотніші узгоджені рухи атомів. Визначено, що взаємні рухи першого и другого доменів можуть призводити до закриття щілини між доменами та до утворення нової «замкненої» конформації. Описано амінокислотні залишки з найбільшою рухливістю Ca-атомів.

A model of the eEF1A1 isoform of human translation elongation factor 1A has been proposed using a homology modelling method. The conformational mobility of eEF1A1 has been studied by means of multiple molecular dynamics simulation. The most essential coordinated motions in the protein have been identified using the covariance analysis of atom trajectories. It has been determined that reciprocal flexibility of domains I and II can lead to disappearance of the gap between the domains and to formation of a «closed» conformation of the protein. The amino acid residues, which are characterised by maximal flexibility of C6-atoms, have been described.