Моделирование свертывания протеина в пространстве

Abstract

Рассматривается проблема прогнозирования третичной структуры протеина по заданной последовательности аминокислот. На основе НР-модели она формализуется в виде специальной задачи комбинаторной оптимизации, определенной на трехмерной треугольной решетке. Предложены два алгоритма локального поиска, эффективность которых исследована путем анализа результатов проведенного вычислительного эксперимента.

Розглядається проблема прогнозування третинної структури протеїну за заданою послідовністю амінокислот. На основі НР-моделі вона формалізується у вигляді спеціальної задачі комбінаторної оптимізації, яка визначена на тривимірній трикутній решітці. Запропоновано два методи локального пошуку, ефективність яких досліджена шляхом аналізу результатів проведеного обчислювального експерименту.

The problem of protein tertiary structure prediction from its amino acid sequence is examined. Basing on HP-model, it is formalized as a specific combinatorial optimization problem defined on a three-dimensional triangular lattice. Two local search methods are proposed and their efficiency is examined by analyzing the results of computational experiment.