Моделирование комплекса узнавания фибриногена тромбином

Abstract

Комплекс узнавания фибриногена тромбином, состоящий из дополнительного центра (ДЦ) связывания фермента и комплементарного ему сайта (КС) на Аа-цепи фибрино­гена, изучали с помощью молекулярного моделирования и конформационного анализа. Показано возникновение четырех водородных связей между ДЦ и КС, расстояние меж­ду донорскими и акцепторными атомами находится в пределах 2.0 – 2,2 Å. Конформационные расчеты свидетельствуют о том, что подобные взаимодействия могут обес­печить образование энергетически выгодного и стерически разрешенного комплекса рекогниции фибриноген – тромбин вне границ активного центра последнего. Предлагается гипотеза об усилении каталитического процесса вследствие конформационных изменений, сопровождающих формирование комплекса узнавания.

Комплекс впізнавання фібриногена тромбіном, що складається з додаткового центра (ДЦ) зв'язування ферменту та комплементарного йому сайта (КС) на Аа-ланцюзі фібриногена, вивчали за допомогою молекулярного моделювання та конформаційного аналізу. Показано утворення чотирьох іводневих зв'язків між ДЦ та КС, відстань між донорськими та акцепторними атомами лежить у межах 2,0–2,2 Å. Конформаційні розрахунки стверджують, що ці взаємодії спроможні забезпечити створення енергетич­но вигідного та стерично дозволеного комплексу рекогніції фібриноген – тромбін поза межами активного центру останнього. Пропонується гіпотеза щодо підсилення каталітичного процесу внаслідок конформаційних змін, які супроводжують формування комплексу рекогніції.

Fibrinogen-thrombin recognition complex consisting of enzyme additional binding exosite (ABE) and complementary site (CS) ir fibrinogen Aa-chain has been investigated by means of molecular modelling and conformational computer simulations. It is revealed that four hydrogen bonds between ABE and CS occur the distance between donor and acceptor atoms being 2.0–2.2 A. Energy estimations show that these interactions can ensure creation of energetically reliable complex of the thrombin with fibrinogen beyond the enzyme active center. Hypothesis is proposed that conformational changes arising in consequence of recognition complex formation may lead to promotion of catalytical process.