Компьютерное конструирование биологически активных пептидов: некоторые новые возможности

Abstract

Развиты алгоритмы теоретического конформационного анализа для расчета стабильных конформаций молекул пептидов на поверхности раздела фаз "вода – липофильная среда". Поскольку взаимодействие многих пептидных биорегуляторов со специфическими рецепторами осуществляется главным образом за счет гидрофобных сил, развитая процедура может быть использована для компьютерного проектирования аналогов природных биорегуляторов, обладающих повышенным сродством к рецептору, измененным спектром проявления биологической активности, пролонгированным действием.

Розвинено алгоритми теоретичного конформаційного аналізу для розрахунку стабільних конформацій молекул пептидів на поверхні розділу фаз «вода?ліпофільне середовище». Оскільки взаємодія багатьох пептидних біорегуляторів зі специфічними рецепторами здійснюється головним чином за рахунок гідрофобних сил, розвинена процедура може бути використана для комп’ютерного проектування аналогів природних біорегуляторів, яким притаманна підвищена спорідненість до рецептора, змінений спектр прояву біологічної активності, пролонгована дія.

Algorithms for the calculation of peptide molecules stable conformation on the "water-non-polar phase" boundary has been developed. Since many biologically active peptides are supposed to interact with specific receptors mainly due to hydrophobic forces, the model of receptor binding site can be obtained as a mould of the hydrophobic part of the molecule, immersed into lipid phase, in the so-called "biologically active" conformation. Therefore, it is possible to make analogs with enhanced affinity to receptor; this possibility is exemplified by newly-constructed carba-analog of angiotensin.