Компьютерный метод поиска в нуклеотидных последовательностях участков гомологии с возможными вставками/делециями и оценка их статистической значимости

Abstract

Разработан компьютерный метод, позволяющий выявить все участки гомологии с заданными характеристиками (длина участка, число несовпадений, число и размер делеций/вставок) в одной нуклеотидной последовательности или между двумя последовательностями ДНК (РНК) и оценить статистическую значимость найденных гомологий. Этот метод особо эффективен для поиска потенциальных шпилечных структур в нуклеотидных последовательностях, а также может применяться при выравнивании двух последовательностей ДНК (РНК).

Розроблено комп’ютерний метод, що дозволяє виявити всі ділянки гомології із заданими характеристиками (довжина ділянки, кількість розбіжностей, число і розмір делецій/вставок) в одній нуклеотидній послідовності або між двома послідовностями ДНК (РНК) і оцінити статистичну значущість знайдених гомологий. Цей метод особливо ефективний для пошуку потенційних шпилькових структур у нуклеотидних послідовностях, а також може застосовуватися при вирівнюванні двох послідовностей ДНК (РНК).

A computer method which allows revealing all the homologous sites with the given characteristics (the site's length, number of distinctions, number and size of deletions / insertions) in one nucleotide sequence or between two DNA (RNA) sequences and evaluating the statistical significance of the found homologies was developed. This method is especially effective for the search of potential stem-loop structures in the nucleotide sequences and can be used to align the two DNA (RNA) sequences.