Структурно-динамічні особливості модельних цукрово-фосфатних залишків 3'-дезоксирибонуклеотидів

Abstract

Квантово-механiчним методом функцiонала густини на рiвнi теорiї DFT B3LYP/aug-cc-pvqz//DFT B3LYP/6–31G(d,p) дослiджено структурно-динамiчнi особливостi модельної структурної ланки ДНК — цукрово-фосфатного залишку 3′-дезоксирибонуклеотидiв, її конформацiйне рiзноманiття, спричинене фосфатною групою, природу конформацiйних S/N-переходiв, наявнiсть внутрiшньомолекулярних водневих зв’язкiв та мобiльнiсть цукрового залишку i фосфатної групи навколо деяких одинарних хiмiчних зв’язкiв.

The structural and functional features of a model DNA recurring unit, the 3′-deoxyribonucleotide sugar-phosphate residue, are studied by means of the quantum density functional method (DFT B3LYP/aug-cc-pvqz // DFT B3LYP/6–31G(d,p) theory level). Namely, its conformational variety caused by the presence of a phosphate group, the nature of South/North sugar transitions, the presence of intramolecular hydrogen bonds, and the mobility of a sugar residue and a phosphate group relatively to certain single chemical bonds are investigated.