Метод построения вторичной структуры РНК на основе принципов самоорганизации

Abstract

Описан метод компьютерного построения вторичной структуры РНК на основе последовательности нуклеотидов. Алгоритм использует метод Монте-Карло для моделирования самоорганизации РНК при последовательном образовании новых спиральных участков. Метод может быть использован для расчетов структур достаточно длинных РНК (вплоть до 5000 нуклеотидов) на персональном компьютере без использования больших объемов памяти.

Описано метод комп’ютерної побудови вторинної структури РНК на основі послідовності нуклеотидів. Алгоритм використовує метод Монте-Карло для моделювання самоорганізації РНК при послідовному утворенні нових спіральних ділянок. Метод може бути використаний для розрахунків структур досить довгих РНК (аж до 5000 нуклеотидів) на персональному комп’ютері без використання великих обсягів пам'яті.

The method for computer calculation of RNA secondary structure is described. The algorithm is based on successive formation of helices in the RNA self-organization process with the generation of random structure sets by the Monte-Carlo mehtod. This way permits constructing RNA secondary structures for rather long sequences (up to 5000 nucleotides) by means of the personal computer without using large memory volumes.