Профіль експресії факторів транскрипції у зразках крові хворих на хронічний лімфолейкоз

Abstract

Мета: дослідити профіль експресії факторів транскрипції у клітинах хронічного лімфолейкозу (ХЛЛ) порівняно з лімфоцитами крові здорових людей для виявлення механізму виникнення непластичних клітин ХЛЛ. Об’єкт і методи: зразки периферичної крові хворих на ХЛЛ, виділення РНК, аналіз експресії факторів транскрипції з використанням RT2 profiler Array і кількісної полімеразної ланцюгової реакції. Результати: застосовуючи платформу PARN-075Z, вивчили експресію 84 факторів транскрипції у суміші РНК, виділених із В-клітин хворих на ХЛЛ, порівняно з В-клітинами, а також із сумішшю РНК, виділеною з лімфоцитів крові здорових донорів. Показано, що гени POU2ATF1, NFAT5, NFATC1, JUNB, JUN та RELB експресуються на більш високому рівні у суміші РНК із клітин ХЛЛ порівняно з В-клітинами здорових осіб. З урахуванням гетерогенності пацієнтів проведено аналіз генів з варіабельною експресією на зразках, взятих в окремих хворих. Підтверджено, що гени HAND1, HOXA5 і SMAD9 експресуються на низькому рівні у клітинах ХЛЛ окремих пацієнтів на відміну від генів ID1 та JUNB, що показали гетерогенний патерн експресії. Висновки: чітка різниця у профілі експресії дозволяє продовжити дослідження з метою ідентифікувати блоковані клітинні шляхи у клітинах ХЛЛ за допомогою біоінформатичного аналізу.

Aim: to investigate the expression profile of transcription factors in chronic lymphocytic leukemia (CLL) cells compared with B cells to identify mechanisms of CLL appearance. Objects and methods: Samples of peripheral blood of patients with CLL, RNA isolation, analysis of expression of transcription factors, using RT2 profiler Array and quantitative polymerase chain reaction. Results: using the PARN-075Z platform, expression of the 84 transcription factors was studied in a mixture of RNA isolated from CLL cells of patients, in comparison B cells and a mixture of RNA isolated from B- and T-cells of healthy donors. We have found that genes POU2ATF1, NFAT5, NFATC1, JUNB, JUN, and RELB were expressed at higher levels in a mixture of RNA from CLL cells when compared with B-cells. Using quantitative polymerase chain reaction, we have observed that genes HAND1, HOXA5, and SMAD9 were similarly expressed in CLL cells of individual patients while the ID1 gene, in contrast, showed a higher expression compared with normal B-cells. Conclusions: the expression of the 84 transcription factors was studied in a mixture of RNA isolated from cells of CLL patients, compared with B cells from healthy donors. Given the heterogeneity of patients, gene expression was analyzed in samples of individual patients. It was confirmed that genes HAND1, HOXA5, and SMAD9 expressed at low levels in CLL cells of individual patients, unlike genes ID1 and JUNB that showed a heterogeneous pattern of expression. A clear difference in expression profiles allows us to extend our research to identify cellular pathways blocked in CLL cells, using bioinformatics analysis.