Фізична модель впізнавання вотсон-криківських пар основ ДНК білками реплікативного комплексу

Abstract

Вперше запропоновано та обгрунтовано з використанням неемпiричних квантово-механiчних методiв просту фiзичну модель впiзнавання вотсон-крикiвських пар основ бiлками реплiкативного комплексу з боку мажорної борозенки ДНК. Показано, що найiмовiрнiшими претендентами на цю роль є аспарагiн або глутамiн, якi своїм амiдним бiчним радикалом взаємодiють (з урахуванням його повороту на 180º навколо одинарного зв’язку C−C) двома Н-зв’язками NH. . .O4/6 i C=O. . .HN6/4 з кожною iз чотирьох вотсон-крикiвських пар основ.A simple physical model of Watson-Crick base pairs recognition by the proteins of a replicative complex from the side of the major groove of DNA using modern non-empirical quantum-mechanical methods is suggested and proved for the first time. It is shown that the most credible candidate for this role is asparagin or glutamine which interacts with his own amide residue (taking into account its rotation by 180º around single bond C−C) by both H-bonds NH. . .O4/6 and C−O. . .HN6/4 with each of four Watson-Crick base pairs.