Взаимодействие ферментов рестрикции и модификации EcoRII с синтетическими фрагментами ДНК. Синтез субстратов с одним участком узнавания

Abstract

Получены 14- и 30-звенные ДНК-дуплексы – субстраты эндонуклеазы рестрикции EcoRII. В участок узнавания введены модифицированные нуклеотидные звенья – m⁵dC и f⁵dU. Модификации не привели к искажению общей геометрии двойной спирали.

Отримано 14- і 30-ланкові ДНК-дуплекси – субстрати ендонуклеази рестрикції EcoRII. У ділянку впізнавання введено модифіковані нуклеотидні ланки – m⁵dC і f⁵dU. Модифікації не спричинили спотворення загальної геометрії подвійної спіралі.

9-16 membered oligodeoxyribonucleotides forming DNA-duplexes with one EcoRII site (native or modified) were synthesized by the block triester method. The modifications involved the replacement of one (or two) cytidine or thymidine moieties in duplexes for m⁵dC or f⁵dU, respectively. 30-membered DNA-duplex was obtained by enzymatic ligation of five overlapping oligonucleotides. The substitutions introduced neither result in any significant destabilization nor distort the double helix geometry as is evidenced by the UV- and CD,-spectroscopy methods.