Моделирование распределенных внутриклеточных процессов с помощью активных заряженных частиц

Abstract

Досліджується метод моделювання внутрішньоклітинних реакцій, що координуються білками. Білки описано за допомогою локально взаємодіючих заряджених частинок. Взаємодії задаються алгоритмічно, що дозволяє досліджувати процеси без урахування фізичної природи білкової активності. На основі запропонованого підходу створено комп’ютерне середовище моделювання, за допомогою якого як приклад досліджувався процес формування гідрофобного ядра білкової глобули у воді.

A new method of modeling of intracellular reactions that are coordinated by proteins is discussed. Proteins are represented as locally interacting particles that can carry charges. Interactions are defined algorithmically, which allows studying processes regardless of the physical nature of protein interactions. The proposed approach was implemented as a computer modeling framework and utilized for studying the process of protein hydrophobic core formation in water.