ДНК-полимераза I Е. coli: зависимая от праймер-матричного комплекса инактивация фермента имидазолидами дезоксинуклеозид-5-трифосфатов

Abstract

Исследовано влияние γ-имидазолидов АТР, СТР, GTP, ТТР дезокси- ряда на активность ДНК-полимеразы из Е. coli в присутствии и отсутствие различных матрично-затравочных комплексов. Показано, что инактивация фермента достигается только при одновременном присутствии праймера и матрицы, комплементарной аналогу dNTP. На основании совокупности полученных данных сделано предположение о том, что после образования комплементарного комплекса имидазолида dNTP с матрицей на ферменте происходит дополнительная подгонка аналога до состояния, имитирующего реакционноспособное состояние нуклеотида, что в конечном итоге приводит к сближению концевого фосфата аналога с нуклеофильными группами активного центра фермента и их фосфорилированию.

Досліджено вплив γ-імідазолідів АТР, СТР, GTP, ТТР дезокси-ряду на активність ДНК-полімерази з Е. coli за присутності і відсутності різних матрично-затравочних комплексів. Показано, що інактивація ферменту досягається тільки при одночасній присутності праймера і матриці, комплементарній аналогу dNTP. На підставі сукупності отриманих даних зроблено припущення про те, що після утворення комплементарного комплексу імідазоліду dNTP з матрицею на ферменті відбувається додаткова підгонка аналога до стану, який імітує реакційноздатний стан нуклеотиду, що в кінцевому підсумку призводить до зближення кінцевого фосфату аналога з нуклеофільними групами активного центра ферменту і їхньому фосфорилюванню.

Interaction of E. coli DNA-polymerase I with imidazolides of dATP, dCTP, dGTP and dTTP is investigated in the presence and the absence of different primer-template complexes. It is found that the enzyme can be inactivated only in the presence of a primer and a template being complementary to dNTP analogue. From the data obtained it may be supposed that the orientation of analogue polyphosphate chain changes due to the analogue-template complex formation. Such a transformation results in the close proximity of the terminal phosphate of the analogue to nucleophilic groups of the active enzyme site and in their subsequent phosphorylation.