Внутрішньомолекулярні водневі зв'язки та специфічні контакти Ван дер Ваальса у молекулі 2'-дезоксицитидилової кислоти: аналіз топології електронної густини

Abstract

У 613 конформерах молекули 2'-дезоксицитидилової кислоти, оптимізованих на рівні теорії DFT B3LYP/6-31G(d,p), методом QTAIM виявлено 1830 внутрішньомолекулярних специфічних взаємодій — 16 типів ван-дер-ваальсових контактів та 40 типів водневих зв'язків. Зафіксовано лінійний зв'язок між їхньою енергією та густиною електронного заряду в критичній точці на лінії зв'язку. Встановлено, що в усіх ДНК-подібних конформерах присутній хоча б один H-зв'язок з енергією не менше 4,5 ккал/моль.

1830 specific intramolecular interactions are revealed by means of the QTAIM method in 613 2'-deoxycytidilic acid molecule conformers optimized at the DFT B3LYP/6-31G(d,p) theory level. There are 16 types of van-der-Waals contacts and 40 types of hydrogen bonds. A linear relationship between their energy and electron charge density at the critical point is noted. It is shown that at least one H-bond not weaker than 4.5 kcal/mole is present in each DNA-like conformer.