Представление структуры белка в трехмерных дискретных решетках произвольного типа

Abstract

Предлагается и исследуется подход к формализации понятий абсолютной и относительной кодировок, которые применяются при решении известной в вычислительной биологии задачи прогнозирования третичной структуры протеинов. Рассмотрены трехмерные решетки общего вида. Сформулированы и доказаны основные свойства этих кодировок, предлагаются конструктивные алгоритмы их построения.

Пропонується і досліджується підхід до формалізації понять абсолютного та відносного кодування, які використовуються при розв'язанні задачі прогнозування третинної структури протеїнів. Розглядається загальний випадок тривимірної решітки. Сформульовано і доведено основні властивості цих кодувань, пропонуються алгоритми їх побудови.

The approach to formalize concepts of absolute and relative encodings used while solving protein tertiary structure prediction problem is proposed and studied. General case of discrete lattice is examined. Main characteristics of these encodings are formulated and proved, algorithms for their construction are proposed.