Построение полной карты локального сходства двух биополимеров (программа DotHelix пакета GenBee)

Abstract

В работе предложен новый алгоритм построения полной карты локального сходства двух биополимеров, значительно более быстрый по сравнению с известным алгоритмом Альтшуля — Эриксона. Haш алгоритм реализован в программе DotHelix из пакета GenBee. Эффективность алгоритма по сравнению с традиционным методом Стадена и работа программы DotHelix проиллюстрированы на примере сопоставления полипротеинов двух штаммов вируса полиомиелита. Кратко обсуждены возможные области применения предлагаемой программы.

Запропоновано новий алгоритм побудови повної карти локальної подібності двох біополімерів, значно швидший порівняно з відомим алгоритмом Альтшуля?Еріксона. Haш алгоритм реалізований у програмі DotHelix з пакету GenBee. Ефективність алгоритму порівняно з традиційним методом Стадена і робота програми DotHelix проілюстровано на прикладі зіставлення поліпротеїнів двох штамів вірусу поліомієліту. Коротко обговорено можливі галузі застосування пропонованої програми.

A novel algorithm for generation of complete maps of local similarity for two biopolymers which is much faster than the similar Altschul-Erickson algorithm is described. This algorithm was implemented as the DotHelix program within the GenBee package. The algorithm effectiveness as compared to the Staden algorithm and the results obtained with the DotHelix program are illustrated by the comparison of the polyproteins of two strains of poliomyelitis virus type 3. The possible applications of the program are discussed in brief.